Por se autoclassificar como um movimento diferente do protestantismo e do catolicismo, uma vez que colocavam sua origem no anabatismo do segundo século, os anabatistas modernos foram perseguidos tanto por protestantes como por católicos romanos.
Estes, para facilitar sua perseguição, os associavam aos movimentos místicos e unitarianos. Cristãos católicos e protestantes passaram a torturar e executar os anabatistas nas praças públicas, os classificando como hereges.
Zuínglio foi um dos primeiros a defender a condenação dos anabatistas. Assim, o anabatista Felix Manz se tornou o primeiro mártir anabatista condenado após perseguição dos cristãos protestantes trinitarianos.
A perseguição feudal, segundo a ideologia católica e burguês, amparada pela ideologia protestante, impediu o crescimento anabatista em meio às massas populares, mas não o extinguiu, pelo contrário, o anabatismo migrou para a Rússia e América do Norte, espalhando-se pelo mundo.
A perseguição dos poderosos aos anabatistas os levou a defender um estilo de vida antiburguês diferente do que era a base do protestantismo. Inspirados no modelo dos nazarenos judeus do século I, eles passaram a viver em comunidades sem propriedades, partilhando tudo como irmãos.
Até hoje, os anabatistas vivem em comunidades isoladas das grandes cidades, partilhando o trabalho, suas propriedades e recursos.
Apesar de a maioria dos grupos anabatistas rejeitar as autoridades políticas, eles defendem a passividade como regra maior, sendo totalmente contra a guerra, ou uso de violência em qualquer ocasião até os dias atuais, o que os permite viver de forma solada em diversas partes do mundo até os dias atuais.
